La Compañía Folklórica de la Universidad Autónoma de Querétaro, nace en el año de 1966 por gestión de la Mtra. María Elena Cisneros y a petición del rector en turno, Hugo Gutiérrez Vega, cuya administración se caracterizó por impulsar un proyecto cultural sólido en la institución. 

Con el nombre inicial de Grupo de Danzas Autóctonas y Tradicionales de Querétaro, se plantearon como objetivo principal dar proyección a las danzas queretanas, realizando sus primeras puestas en escena en el mismo año de su creación para un año más tarde lograr presentarse en el Teatro de la República. A partir de ese momento se convertirían en una de las agrupaciones culturales más importantes de Querétaro y que llevarían nuestras danzas tradicionales por el mundo, pasando por gran parte de Latinoamérica, Estados Unidos, Europa y Asia.

Para 1975, la dirección quedaría a cargo de la Mtra. Aurora Zúñiga, una artista enfocada no solo en la danza, sino también en la investigación y con una profunda admiración por la cultura y tradiciones de los pueblos originarios de Querétaro. Con este nuevo liderazgo, además de conservar su línea de danzas autóctonas, la Compañía integraría la danza folklórica a su repertorio, disciplina que hasta ese momento había estado a cargo del Mtro. Jorge Páramo, quien también cedería la batuta a la maestra, consolidándose aún más la imagen grupal.

La participación de la Mtra. Aurora, resultó sumamente benéfica para el grupo de danza y su visión, nutrida por la documentación, enriqueció sus presentaciones pues para ella no bastaba con representar a las danzas desde el imaginario, sino que era importante profundizar en su raíz, significado e imagen, de ahí su afán por la investigación constante y ser agente participativa durante las fiestas tradicionales en las comunidades.

De igual forma, la directora de la Compañía se dio a la tarea de adquirir una serie de trajes típicos con elementos, técnicas e iconografía verdaderamente autóctonos que dieran mayor credibilidad a sus presentaciones, colección que hoy día se ha convertido en uno de los sellos más importantes del grupo y un tesoro de gran importancia para la Mtra. Aurora, puesto que se ha sido expuesta fuera del estado y logrado diversos reconocimientos.

Para 2019, esta vez bajo la tutela de la Mtra. Dolores Zúñiga, la agrupación adquiriría el nombre de Compañía Folklórica de la Universidad Autónoma de Querétaro y pasaría a ser uno de los grupos representativos más importantes y con mayor trayectoria de nuestra institución, quienes, por cierto, actualmente se encuentran en proceso de obtener su nombramiento como Patrimonio Inmaterial del Estado de Querétaro.