Tzeltales: De origen maya, son uno de los grupos más numerosos. Habitan principalmente en Ocosingo, Altamirano, Chilón, Yajalón y Palenque.
Tzotziles: También de raíz maya, se concentran en San Cristóbal de las Casas, Chamula y Zinacantán.
Choles: Ubicados en Palenque, Ocosingo, Tumbalá y Catazajá, son otro grupo de gran tradición maya-chol.
Zoques: Se encuentran principalmente en el norte del estado, en municipios como Rayón, y su idioma pertenece a la familia zoqueana.
Tojolabales: Asentados en Las Margaritas, tienen una lengua propia y fuerte vínculo con su territorio.
Q’anjob’ales (Kanjobales): De origen guatemalteco-maya, se han establecido en municipios como Las Margaritas y La Trinitaria.
Jakaltekos: Menos numerosos, se localizan en Amatenango de la Frontera.
Kaqchikeles (Kakchiqueles): También con raíces mayas, viven en Amatenango de la Frontera.
Mames: Otro grupo con raíces en Guatemala, con presencia en el suroeste del estado.
Lacandones: Uno de los grupos más distintivos y con menor población, habitan la Selva Lacandona y mantienen prácticas tradicionales.
Mochós (o Qato’k): Etnia en peligro de desaparición, se localiza en Motozintla.
Chujes: Con asentamiento en la zona fronteriza, especialmente en La Trinitaria.
Akatecos: Originarios también de Guatemala, se encuentran en La Trinitaria y algunas otras regiones.
Tekos (Tektitecos): Con una población reducida, residen en municipios como Mazapa de Madero.