La Cueva del Cerrito es refugio permanente de especies insectívoras como: Balantiopteryx plicata y Macrotus waterhousii, y refugio temporal nocturno para el murciélago
Personas que habitan cerca de la Cuenca, en Puebla y Tlaxcala, están expuestas a las altas concentraciones de arsénico, plomo, cromo, así como descargas industriales: Agencia Mexicana de Ciencias