También llegaron frailes dominicos en 1526 y agustinos en 1533 para coadyuvar en la misión de acercar lo más posible ambas culturas a través de la conquista espiritual, dado que España venía de un prolongado proceso de reconquista en defensa de la religión cristiana.
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En 1529 desembarcaron en la Nueva España un grupo de 19 misioneros franciscanos bajo la dirección de fray Antonio de Ciudad Rodrigo, entre los que venía fray Bernardino de Sahagún, autor de Historia general de las cosas de la Nueva España. No fue la primera expedición de franciscanos, pues en 1524 llegó el famoso grupo de “los doce apóstoles” a cargo de fray Martín de Valencia, como respuesta a las peticiones de Hernán Cortés “para evangelizar y convertir a estos gentiles idólatras”.
Según los frailes de aquella época, la fe católica luchaba contra la idolatría, a la que consideraban generadora de todos los males atribuibles en aquel momento a los naturales de estas tierras, como el incesto, los sacrificios humanos, la sodomía, el canibalismo, la embriaguez. Los misioneros demostraron una gran capacidad de diálogo y un profundo respeto por los interlocutores, lo que ganó en gran medida su voluntad.
La doctrina, la Cartilla y los catecismos se adaptaron para cumplir su misión catequística. Para formar a los nuevos cristianos y a una clase pensante, los misioneros promovieron escuelas, colegios y hospitales en cuya tarea el mayor obstáculo eran algunos españoles radicados en la Nueva España, quienes no estaban de acuerdo en concederles a los indígenas estos privilegios. En los colegios cursaban latín, destinado a preparar a los nativos para el sacerdocio. También enseñaban artes y oficios, filosofía, teología, retórica y medicina indígena.
En aquellos años incipientes la conversión indígena no logró un cambio total de creencias religiosas. Esto se daría con el paso del tiempo. El cristianismo fue aceptado no como una liberación, sino más bien como un mal menor y como un consuelo ante los atropellos y malos tratos de los encomenderos y explotadores españoles y sus capataces. Los frailes representaban a la iglesia y la Corona española, pero en las primeras cuatro décadas fueron también la voz de los indios ante el Rey de España y la Santa Sede.
Después de este periodo, los reformadores sociales como Vasco de Quiroga y los defensores de las causas justas como Bartolomé de las Casas, dieron paso a los obispos e inquisidores, y los misioneros mendicantes a la Compañía de Jesús, conocidos como jesuitas, quienes se interesaban en las necesidades educativas de la población novohispana y desplegaban lo que desde un principio esperó la Corona de la evangelización: una estrategia importante para ejercer su dominio en las nuevas tierras, independientemente de las buenas intenciones que se depositaran en la empresa.
