De acuerdo a Román López Villicaña, la primera oleada de musulmanes hacia México vino con la Conquista. En este tiempo una gran cantidad de judíos y musulmanes aprovechan la apertura de las nuevas tierras para escapar a la creciente presión de los cristianos católicos que se habían apoderado ya de casi toda la península ibérica. Una vez caída Granada, se expulsaría de reinos y posesiones españolas a los judíos en 1492 y a moros entre 1609 y 1614.

Pero de hecho, la expulsión tardaría un poco más, debido a que muchos escondieron su religión y lograron pasar al nuevo continente, a pesar de la prohibición de Carlos V en la real cédula de Valladolid del 15 de septiembre de 1522. Esta ley se extendía a esclavos berberiscos o libres.

Y sí existía una elevada probabilidad de que entre ellos también hubiera moros, pues éstos convivieron juntos en España y ambos sufrían de las mismas persecuciones. La reaparición de la Santa Inquisición y la aplicación estricta de sus leyes en las colonias después de los años treinta del siglo XVI hizo que un gran número de judíos y moros se refugiara en la península de Yucatán, pero aislados del resto de la diáspora, paulatinamente los llevaría a la asimilación, dejando sólo rastros de su existencia.

Debe decirse que otra corriente partió hacia el norte, a Nuevo León y Tamaulipas, donde el aislamiento del centro agrominero permitió la sobrevivencia, pero a costa de la asimilación. Dentro del contexto de la Colonia también llegan a México africanos musulmanes en calidad de esclavos, de acuerdo a Bonfil Batalla.

Aunque esta primera oleada de musulmanes en México apenas si dejó rastros en México, la misma cultura islámica se encontraba entre los españoles, a través de la arquitectura colonial con zaguanes, acequias, norias, alcabalas, cultivos y sistemas de irrigación que tanto contribuyeron al desarrollo de la Colonia.